בסינתזה טיפוסית של DNA, RNA וחומצות גרעין לא טבעיות, הצעד של ביטול ההגנה והצימוד ממלא תפקידים מכריעים.
שלב ה-Deprotection הוא הסרת קבוצת ה-DMT על התומך המוצק או קבוצת ההידרוקסיל 5' על הנוקלאוזיד הקודם עם חומצה אורגנית, וחשיפת קבוצת ההידרוקסיל לשלב הצימוד הבא.החומצה הטריכלורואצטית 3% בדיכורומתאן או בטולואן משמשת בעיקר לביצוע שלב הסרת ההגנה.ריכוז החומצה הטריכלורואצטית וזמן הסרת ההגנה (זמן ביטול החסימה) שולטים בטוהר המוצרים הסופיים.ריכוז נמוך וזמן ביטול חסימה לא מספק משאירים קבוצת DMT ללא תגובה, שמקטינות את התפוקה ומגדילות את הזיהומים הלא רצויים.זמן הסרת החסימה הארוך עשוי להוביל את הדפורין של רצפים מסונתזים, ויוצרים את הזיהומים הבלתי צפויים.
שלב הצימוד רגיש לתכולת המים של הממיסים וללחות באוויר.ריכוז המים בסינתזה צריך להיות פחות מ-40 ppm, עדיף פחות מ-25 ppm.כדי לשמור על מצב סינתזה מימית, סינתזה של חומצות הגרעין צריכה להתבצע בסביבת לחות נמוכה, לכן אנו ממליצים ללקוח שלנו להשתמש ב-ציוד מומס של אמידיטים, שיכול להמיס את הפוספורמידיט האבקתי או השמנוני באצטוניטריל נטול מים כדי למנוע מגע עם אוויר.
מאז ההמסה של פוספורמידיטים עדיף במצב ללא מים, ומלכודות מולקולריות לספוח את עקבות המים בריאגנטים ואמידיט, יש צורך להכין אתמלכודות מולקולריות.אנו ממליצים על 2 גר' לבקבוקי ריאגנטים של 50-250 מ"ל, 5 גרם לבקבוקי ריאגנטים של 250-500 מ"ל, 10 גרם לבקבוקי ריאגנטים של 500-1000 מ"ל ו-20 גרם לבקבוקי ריאגנט של 1000-2000 מ"ל.
ההמסה של פוספורמידיטים צריכה להתבצע תחת האטמוספרה האינרטית, ויש לסיים את החלפת ריאגנטים מפעילים ואצטוניטריל בזמן.יש להשתמש בריאגנטים המכסה והחמצון בהקדם האפשרי, הריאגנטים הפתוחים נותנים פחות חיי מדף ופחות פעילות במהלך הסינתזה.
זמן פרסום: אוגוסט-09-2022