עקרונות סינתזה של חומצות גרעין

סינתזת חומצות הגרעין מתבצעת בשיטת הטריגליצרידים הסיאלים האמידים הפאזיים המוצקים, לפיה קצה 3' של ה-DNA משותק על מצע פאזה מוצקה ומתווספים נוקלאוטידים בכיוון 3' עד 5' עד לסינתזה של קטע ה-DNA הרצוי .זה שונה מסינתזת DNA על ידי יישום של DNA פולימראז.

קצה 3' של הבסיס הראשון משותק על CPG במהלך הסינתזה, ה-5'-OH של הבסיס הבא מוגן עם di-p-tolyl trityl DMT, קבוצת האמינו על הבסיס מוגנת עם חומצה בנזואית וה-3' לאחר מכן -OH מופעל עם תרכובת אמינו פוספט.בסיס אחד של 5 5'-OH של בסיס 1 ו-3'-OH של הבסיס הבא יוצרים טריגליצריד פוספיט, אשר מחומצן עם יוד לטריגליצריד פוספט, המגן על הבסיס השני 5'-OH מוסר על ידי הוספת חומצה דיכלורואצטית DM מחזורי דרך הוספה של הבסיס הבא, ולאחר סינתזה מסירים את המגן על ה-5'-OH עם חומצה חלשה השבר מנותק מהשרף המוצק עם אמוניום הידרוקסיד מרוכז, המגן מוסר מהבסיס עם אמוניום הידרוקסיד מרוכז תחת חימום, האמוניום הידרוקסיד מוסר, השבר מיובש בוואקום וחומצת הגרעין מטוהרת על ידי כרומטוגרפיה נוזלית או PAGE.

שלבים של סינתזת אוליגו

ביטול חסימה

הקבוצת הגנת DMT בעלת 5 קצוות מוסרת על ידי הוספת פתרון TCA.

הַפעָלָה

ערבוב המפעיל עם מונומר האוליגונוקלאוטיד ליצירת מונומר האוליגונוקלאוטיד הפעיל.

צימוד

קבוצת ההידרוקסיל ה-5-טרמינלית מגיבה עם תוצר הביניים הפעיל של אוליגונוקלאוטיד בתגובת עיבוי אנטי-יצירתית ליצירת קשר טריגליצרידים פוספיט לא יציב.

מכסה 

תוספת של חומר מכסה מבצעת תגובת מכסת אצטילציה עם עודף קבוצות הידרוקסיל שאינן מעורבות בתגובת העיבוי.

חִמצוּן 

תוספת של תמיסת יוד המכילה מים מגיבה עם קשרי פוספיט לא יציבים על ידי חמצון ליצירת קשרי טריגליצרידים של חומצה זרחתית יציבים.

מחשוף ציאנואתיל

תוצר חומצת הגרעין לאחר סינתזה, בתוספת תמיסת DEA להסרת קבוצת הציאנואתיל מקשר הטריגליצרידים הפוספט.

מבוקע והסרת הגנה

שברי חומצת הגרעין מבוקעים מנשא הפאזה המוצקה על ידי הוספת תמיסת אמוניום הידרוקסיד מרוכזת ולאחר מכן מחוממים כדי להסיר את קבוצות ההגנה מקשרי המימן של הבסיסים.